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依托Force10公司高速运算平台,华大基因引跑亚洲基因科学研究
——Force 10万兆以太网交换机助力华大基因快速成功完成复杂基因组测序计算
作者:Force 10    时间:2010-12-21 13:08:34  来源:  通讯世界www.tele.com.cn
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2007年10月全球首张黄种人全基因序列图谱“炎黄一号”顺利绘制完成,测序数据总量达到1177亿碱基对,基因组平均测序深度达到36倍,有效覆盖率高达99.97%,变异检测精度达99.9%以上。2008年10月,大熊猫“晶晶”基因组序列图谱成功测序,该基因组由24亿DNA碱基对组成,约含2.1万个蛋白编码基因。2008年11月6日,首个亚洲人基因序列的研究成果发布,宣布炎黄计划参照基因测序的完成。这是继DNA之父James Watson和测序先驱J. Craig Venter之后所进行的第三例人类个人基因测序。

在过去的三年中,致力于公益性研究的深圳华大基因研究院,在深圳市政府、盐田区政府及企业的共同支持下,以“探索基因组科学的新型发展道路,引跑亚洲基因组科学发展”为使命,成功完成了多个基因科学重大项目的实施和研究,促进了医学健康产业和现代农业产业的快速发展。

深圳华大基因研究院由中国科学院北京基因组研究所及北京、杭州华大基因研究中心为主体共同组成,在基因科学研究的道路上,除上述重要成果之外,还于2009年4月启动“世界三极动物基因组计划”,2009年8月启动“万种微生物基因组计划”,2009年12月与国家农业部和深圳市人民政府共建“基因组学农业部重点实验室”…… 这些研究工作所取得的技术成就,不仅为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献,同时也奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。

基因序列测定工作精确而繁复
众所周知,基因序列测定需要进行大量的计算和对比工作,尽管核酸序列测定方法越来越成熟、简便并且可以通过自动化设备完成,但事实上,对于一个片段较长、序列未知的待测核酸而言,仍然是一件耗时且繁琐的工作。对于一个待测 DNA分子,要制定一个能够简捷准确的测定方案,需要实时传输的数据量非常大,要求服务器、存储和网络系统具备高性能、低延时、高稳定性的特点。并且,要求交换机端口密度较高,可同时连接多个服务器。为此,华大基因选择了Force10公司的S2410、S50、C300、以及C150交换机组建了高性能的计算网络环境,并首先在深圳研究所投入运行。

可靠的高性能端到端网络解决方案
基于此种需求,Force10为华大基因提供了S系列以及C系列的四款产品。旨在为中等规模数据中心和企业局域网提供具有更高可靠性的Force10的C系列产品,其模块化Force10操作系统(FTOS)软件则提供了内在的稳定性,避免了计划外的网络停机,并通过冗余部件和热插拔技术提供全面的硬件弹性,从而最大程度地保证了网络的正常运行时间。

 
为了给华大基因IT管理人员提供更有效的网络控制能力,Force10 C300还提供了一整套提高可管理性、服务能力以及可视性的工具和功能,而模块化的FTOS包括了业界标准的命令行界面(CLI),使管理人员简化管理并可充分利用其已拥有的网络知识进行操作。C150还可充分运行 FTOS,为 IT 与数据中心管理人员提供实现网络运行时间最大化所需的工具。

而S系列产品由小尺寸Gigabit 和10 Gigabit 以太网交换机组成,专为企业和服务供应商设计,以满足这些客户的特殊要求。其高弹性、高密度的性能特征,为数据中心、储存或计算设施配备线速率GbE 和10 GbE机架交换机,满足 VoIP 和无线连接的核心弹性和高可用性要求的 PoE 配线柜。该系列产品为华大基因的序列测定计算提供扩展、高性能端到端网络解决方案。其中,S2410同时拥有24 端口固定配置,1 RU 数据中心交换机 超低万兆交换时延 ,其吞吐时延仅为 300 纳秒。毋庸置疑,

Force10 S系列以及C系列的四款产品的高性能、低功耗、以及出色的稳定性,为基因测序的计算工作提供了有力的技术保障。

完善的技术服务 坚实的设备后盾
“在众多的竞争品牌中,我们选择了Force10,经过实践应用,我们对Force10的技术和服务表示肯定和满意。”深圳华大基因研究院计算平台负责人方林说,“其产品在高性能、低延时、高稳定性等方面的出色表现,确实为基因序列测定中的计算与比对工作提供了有力的保障,可以说,在这之后的许多大型基因测序项目能够得以顺利进行,与Force10设备的高速运行以及较高稳的定性密不可分。”

目前,Force10的几款S系列以及C系列产品,已经获得客户认可,并因此而被扩展应用到北京和香港的研究所中,为华大基因研究所的复杂而严密的基因测序工作带来了可扩展的、可靠的、无拥堵、低功耗的性能支持。而华大基因也正在利用其所需技术,依靠完善的设备力量,雄厚的科研背景和优秀的人才队伍,为广大生物学相关领域科研工作者和研发机构提供基因与蛋白质相关研究的优秀解决方案,在不断深化科研水平和能力的前提下加快技术向市场转化的步伐,力争最大限度地将先进的科研技术和成果服务于社会。

标签:   数据中心  以太网交换机  Force 10  华大基因
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